L’agence est pilotée par trois instances :
une Assemblée générale, un Conseil d’administration et un Bureau.
Les membres de l’agence sont répartis en 3 catégories : membres de droit, membres associés et membres actifs. Ils élisent les membres du Conseil d’administration qui, lui-même, désigne les membres du Bureau.
Les membres de l’Audiar :
- l’État,
- Rennes Métropole,
- les 43 communes de Rennes Métropole,
- les Communautés de communes de Châteaugiron, Liffré-Cormier, Val d’Ille-Aubigné
et Bretagne Romantique, - Saint-Malo Agglomération et Dinan Agglomération,
- Lamballe Terre & Mer et Lamballe Armor,
- le Département d’Ille-et-Vilaine,
- la Région Bretagne,
- le Syndicat mixte du Pays de Rennes,
- le Syndicat mixte du SCoT du Pays de Fougères,
- le Syndicat mixte des Vallons de Vilaine
- le Syrenor (Syndicat de Recherche et d’Étude du Nord-Ouest de Rennes),
- les Universités de Rennes et Rennes 2,
- l’Établissement Public Foncier de Bretagne.